I Tokyo, der blev anerkendt som Shinto Teito i år 2020, er den 19-årige Minato Sahashi meget intelligent, men på grund af hans manglende evne til at klare sig under pres har universitetets indgangstest ikke været to gange.
Minato møder en pige ved navn Musubi, der faktisk falder i himlen en dag. Minato lærer snart, at hun er en "Sekirei", der valgte ham som sin "Ashikabi", blandt den kryptiske gruppe af enkeltpersoner, der har den arvede egenskab, der er i stand til at skabe en aftale - ved at kysse - med Sekirei. Dette gør det muligt for dem at bruge deres samlede magt i fjernelse af konflikter med andre Sekirei og binder Sekirei til ham. Sekirei-kampen består af 108 yndige piger, kvindelige kvinder og bishen, i en konkurrence kaldet “Sekirei-planen” dannet af Hiroto Minaka, formand og grundlægger af den mystiske og magtfulde MBI Corporation.
Minato lærer snart, at det ikke er sjovt og spil at være ægtefælle til en kvinde, især når han vælges af flere andre Sekirei, der hver desuden danner en aftale med ham, som deres Ashikabi. Nu skal Minato opdage en metode til at overleve livstruende konflikter i Sekirei-planen og hans ledsagere 'intense konkurrence om ham.
Sekirei er superdrevne væsener, der bruger en anden kode ligesom en persons. Sekirei-rumskibet styrtede ned på Jorden i 1999 på Kamikura Island og blev opdaget af to elever, Hiroto Minaka (potentiel MBI-formand) og Takami Sahashi (potentiel MBI-hovedforsker og Minatos mor). Om bord havde parret opdaget 108 livsformer, forklaret som “En søjle og 107 babyfugle”.
