Freden er muligvis blevet genoprettet i Hoenn, efter at ondskabsplanerne fra Team Aqua, Team Magma og senere Guile Hideout blev sat til hvile. Men da en ny krise nærmede sig, havde Steve Stone intet andet valg end at få hjælp fra Ruby, Sapphire og Emerald igen. Hvad gjorde det nødvendigt for de unge trænere at udnytte de mystiske kræfter i Mega Evolution? Var krisen på nogen måde relateret til de mærkelige 'omega' og 'alfa' symboler på et aldrig set før vægmaleri af Groudon og Kyogre i Granitgrotten? Joseph Stone, far til Steven og præsidenten for Devon Corporation, var måske inde på noget vigtigt, da han så det iøjnefaldende 'delta'-skilt på maleriet ...
