I starten af Kashimashi erklærer en ung gymnasiedreng ved navn Hazumu Osaragi sin kærlighed til klassekammerat og nær ven Yasuna Kamiizumi, men hun afviser ham hurtigt. Nedslået, Hazumu klatrer Mt. Kashima og dræbes, når et fremmed rumfartøj ved et uheld lander på ham. For at rette op på dette bringer fremmede i skibet ved navn Hitoshi Sora Hazumu tilbage til livet, men genopretter ham uforvarende som en kvinde helt ned til DNA-niveau. Denne ændring i Hazumu tjener som katalysator for udvikling af karakterinteraktioner for resten af serien.
Nu skal Hazumu lære at være den pige, hans forældre altid har ønsket, mens han beskæftiger sig med prøvelser og trængsler for at blive fanget i en kærlighedstrekant mellem to piger - hans barndomsven, Tomari, og Yasuna, den pige, der afviste ham, men nu er underligt tiltrukket til ham / hende!
