Fuld metal panik! Sigma

Efter Tuatha de Danaans havkapningshændelse er tingene tilbage til det normale på Jindai High School i Tokyo, eller så normalt som det bliver, når Sousuke vogter Kaname. Efter at have fundet ud af, hvem der forrådte Mithril og forårsagede havkapslingen, sendes Kurz og Mao på en tophemmelig mission for at fange og bringe forræderen tilbage.
Sousuke og Kanames liv er dog ved at ændre sig, da de møder Leonard Testarossa, et højt rangerende medlem af en mystisk gruppe ved navn Amalgam. Efter deres møde advarer Leonard hende om, at han ville gøre alt for at rekruttere hende, selvom det betyder krig i Tokyos gader.