Er (Yuuki Homura)

I den nærmeste fremtid udvikler en japansk videnskabsmand et drevet eksoskelet kaldet "Infinite Stratos" (IS). I besiddelse af teknologi og kampkapaciteter, der er langt mere avanceret end noget andet våbensystem, truer IS med at destabilisere verden. Stillet over for et så overvældende våben vedtager verdens nationer "Alaska-traktaten", som siger, at IS aldrig vil blive brugt til militær kamp, ​​og at eksisterende IS-teknologi skal fordeles ligeligt til alle nationer, for at forhindre en enkelt nation i at dominere de andre. Indførelsen af ​​IS har dog stor betydning for samfundet. Da IS kun kan drives af kvinder, er magtbalancen mellem mænd og kvinder brudt, idet kvinder kommer til at dominere samfundet over mænd.
Ti år efter det første IS blev indført, er verden trådt ind i en ny fredstid. Freden brydes dog af en uventet opdagelse. En 15-årig japansk dreng, ved navn Ichika Orimura, bliver opdaget at være i stand til at betjene en IS. Ved at indse potentialet bliver Ichika tvunget af den japanske regering til at deltage i det prestigefyldte Infinite Stratos Academy, et internationalt akademi, hvor IS-piloter fra hele verden uddannes. Således begynder hans travle skoleliv omgivet af piger.