Resumé
12.000 år efter begivenhederne i Sousei no Aquarion er menneskeheden truet af en ny fjende fra en anden dimension kaldet "Bortførere", der ligesom skyggeenglene invaderer de menneskelige byer for at kidnappe dets indbyggere. For at forsvare menneskeheden mod denne invasion, etablerer Neo-DEAVA-organisationen to hold, et bestående af kun mænd og et andet af kun kvinder, der hver driver deres egne kæmpemaskiner kaldet "Aquaria". For at beskytte sin nye ven Mikono besluttede teenageren Amata Sora at bruge de kræfter, han har holdt hemmelige hele sit liv, og ved at kombinere Vectors med mandlige og kvindelige piloter til én enkelt robot, genfødes den legendariske kæmpe Aquarion igen.