Resumé
Set i et "futuristisk, men alligevel feudalt Japan", og spiller en samurai ved navn Afro for hans hår. Historien følger Afro, da han prøver at hævne sin fars mord. I Afro Samurai-verdenen siges det, at den, der bliver "Nummer et", vil herske over verden og udøve kræfter, der ligner en gud.
Nogen bliver nummer et ved at dræbe det forrige nummer et og tage sit ceremonielle pandebånd. Den eneste regel i denne verden er dog, at kun "nummer to" (også udpeget af et hellig hovedbånd) har lov til at bekæmpe "nummer et". Ulempen ved dette er, at enhver (og typisk alle) kan udfordre og forsøge at dræbe nummer to for at få ret til at bevæge sig fremad og udfordre nummer et. Afro Samurais far var den gamle nummer et, indtil han blev udfordret af en bevæbnede mand, ”retfærdighed” (som dengang var nummer to), der kæmpede ham i en duel for at blive den nye nummer et. På det tidspunkt, som pistolmanden udfordrede sin far, havde Afro kun været barn. Skydemanden skar sin fars hoved lige foran den unge Afro.
Nu voksen, Afro Samurai er den nuværende nummer to og en mester sværdmand; han rejser vejen og søger hævn over retfærdighed, den nuværende nummer et. Langvarige flashbacks afbrudt gennem historiens detaljer, hvordan Afro rejste sig fra en bange dreng, der flygtede fra sin fars død, til mesterens sværdmand og til sidst blev den nuværende "Nummer to", mens historien i nutiden handler om den voksne Afro, der gør vej til bjergtoppen holder "nummer et" for at duellere retfærdighed, mens den mystiske kult kendt som "Empty Seven Clan" sender forskellige agenter til at dræbe Afro og tage hans nummer to pandebånd.