Skæbne/bliv nat

I Fuyuki City vil syv troldmænd hver tilkalde og blive "Mestre" til magtfulde bekendte kendt som "Tjenere" for at føre en hemmelig krig for den hellige gral. De syv grupper vil kæmpe, indtil kun én er tilbage - den, der vil få en chance for at ønske den hellige gral. Mens krigens oprindelse er uklar, er den klar til at begynde igen. Shirou Emiya, af beundring og taknemmelighed over for sin afdøde plejefar, stræber efter at blive en "Helt af Retfærdighed" på trods af hans manglende talent for trolddom. Uventet bliver han en deltager i den femte hellige gralkrig, da han ved et uheld tilkalder Saber, som siges at være den stærkeste tjener af alle... Baseret på "Fate" og "Unlimited Blade Works", spillets første og andet scenarie.