Resumé
Skæbne/Apokryfes rammer er en parallelverden til Skæbne/stay night, hvor den større gral blev fjernet fra Fuyuki efter den tredje hellige gralkrig og forsvandt i mange år. Omkring 2000'erne, omkring samme tid som den femte hellige gralkrig ville have fundet sted, erklærer gruppen, der plyndrede gralen, Yggdmillennia, åbent deres løsrivelse fra Mage's Association, og at de er i besiddelse af gralen. Foreningen sender halvtreds magi for at hente den, men alle undtagen én bliver øjeblikkeligt slagtet af Lancer of Black. Den ene tilbage formår at aktivere reservesystemet for den større gral, hvilket giver mulighed for tilkaldelse af fjorten tjenere i alt.