S-Cry-Ed

For 22 år siden rystede et mystisk seismisk fænomen Yokohama-distriktet, skød det kilometervis op i himlen og adskilte det effektivt fra resten af ​​Japan. I de følgende år begyndte en brøkdel af de nyfødte i denne spæde verden at udvikle ekstraordinære kræfter, hver især unik for ejerens personlighed. Disse muterede mennesker blev kendt som Alters og var ansvarlige for at gøre det tidligere Yokohama til en kaotisk ødemark. Nu, hvor den tidligere metropol fortsætter med at genopbygge sig selv, er Alters faldet i to lejre: dem, der har sluttet sig til HOLY, en dogmatisk organisation, der håber at genetablere orden og moral, og dem, der ønsker at herske over de forholdsvis svage mennesker. Kun Kazuma, en magtfuld Alter, som egentlig kun er interesseret i at passe på sig selv og en forældreløs pige ved navn Kanami, står mellem dem, mistænksom over for begge sider og uvidende om, at han måske har nøglen til harmonisk sameksistens.