Mobildragt Crossbone Gundam

Året er Universal Century 0133. Ti år er gået, siden den væbnede modstand fra den aristokratiske fraktion, Crossbone Vanguard, blev dæmpet. Tobia Aronnax er udvekslingsstudent ombord på rumskibet Smashion til Jupiter, men under et overrasket angreb af en gruppe rumpirater, der kalder sig Crossbone Vanguard, finder han ud af, at der faktisk var skjulte dagsordener blandt dem i Smashion og i selve Jupiter.
Efter at være blevet reddet af et medlem af piraterne ved navn Kincaid Nau, blev han taget ombord på piratskibet, Mother Vanguard, og blev overbevist af dets kaptajn, Berah Ronah, til at slutte sig til dem. Piratgruppens sande identitet blev afsløret som en guerillagruppe, der modstod den hemmelige fraktion i Jupiter, Jupiterriget, som har til hensigt at erobre Jorden. Nu skal Tobia pilotere en af ​​de tre magtfulde Crossbone Gundam for at hjælpe denne nye Crossbone Vanguard i deres søgen efter at modsætte sig Jupiter Empire's planer.