Resumé
Empire of Britannia invaderede Japan ved hjælp af kæmpe robotvåben kaldet Knightmare Frames. Japan blev reduceret til område 11, en kejserlig koloni, og dets folk omtalt som de elleve. På det tidspunkt lovede Lelouch, en ung britisk dreng i eksil til Japan, til sin japanske ven Suzaku, at han ville ødelægge Britannia.
År senere er Lelouch en gymnasieelev, der regelmæssigt springer skolen over for at spille skak og gamble. Da han falder over en terroristgruppe af Eleven, der bliver fanget af en britisk taskforce efter at have stjålet en militær hemmelighed, bliver Lelouch uventet genforenet med Suzaku, der arbejder som medlem af det britiske militær. Da resten af taskforcen ankommer, bliver Suzaku skudt for at ikke adlyde ordrer, mens militærhemmeligheden, en ung pige, giver Lelouch magten til at få enhver til at adlyde enhver ordre. Ved at tage kommandoen over terroristerne, adopterer Lelouch aliaset "Zero" og begynder sit oprør for at knuse Britannia én gang for alle. Men hans største ven bliver hurtigt en af hans mest bekymrende fjender, da Suzaku bliver pilot for Britannias nye testmodel Knightmare, Lancelot.
Bemærk: Historien er en smule anderledes end anime.