Denne manga foregår på en skole, hvor eleverne er baseret på berømte shoguns i japansk historie. Sengoku Gakuen var engang som en normal skole, men Oda Nobunaga, elevpræsidenten væltede lærerne og praktisk talt gjorde dem magtesløse. Han byggede en skole af eleverne, for eleverne og af eleverne. Nobunaga dimitterede til sidst og efterlod Hideyoshi ansvarlig som studerendes præsident. Imidlertid dropper Hideyoshi snart ud af skolen for at hjælpe Nobunaga med at styre Japan, da han regerede Sengoku Gakuen.
Historien tages op her, da der er en kamp mellem Ishida Mitsunari, en spændt og konservativ, men dog hårdtarbejdende dreng, og Tokugawa Ieyasu, den midlertidige skolepræsident, der har mange tilhængere, der kæmper om sædet som skolepræsident. Vi ser også andre berømte skikkelser som medstuderende, såsom Ootani Yoshitsugu, der loyalt følger Mitsunari og Oichi, Nobunagas yngre søster. Hvem vil vinde elevrådets formandspost og tage kommandoen over skolen?
