Elleve sjæl

I midten af ​​det 21. århundrede står menneskeheden over for en prøvelse.
Genteknologi har ændret verden, og med enorme overskud var forskningen accelereret tilsvarende. Et "udødelighed"-gen virkede ikke længere som en ren drøm. Imidlertid undslap en laboratorieprøve, der indeholdt dette gen, og skabte en ny livsform, der indtog genetisk materiale fra den naturlige verden, og udviklede sig til en fjende, der begyndte at invadere den menneskelige verden.
"Shaher" er nu en styrke, der er i stand til at besejre menneskelige militære styrker, og både nord- og sydamerikanske kontinenter er faldet under deres kontrol. I Japan har regeringen oprettet en "Samurai"-enhed til at modsætte sig Shaher, ved at bruge soldater forstærket med nanomaskiner til at forbinde med et pansret eksoskelet.
Det er på dette tidspunkt, at Tsukahara Takemichi, en almindelig dreng uden militær baggrund, bliver tildelt den første deling af "Samurai Force", en eskadron fyldt med eliterekrutter. Så hvorfor er nogen så normal blandt dem?